W nawiązaniu do wskazań soborowych zawartych w dekrecie Ad gentes, omawiającym działalność misyjną Kościoła oraz wypełniając normy wykonawcze zawarte w Ecclesia Sanctae z 6 sierpnia 1966 roku, zebranie plenarne Episkopatu Polski w 1967 r. powołało do życia Komisję Episkopatu Polski ds. Misji. W jej skład weszli: bp Kazimierz Kowalski (przewodniczący), bp Jan Wosiński, bp Jan Mazur, bp Jan Zaręba, bp Franciszek Musiel,
ks. prał. Wacław Preiss (Pelplin) oraz o. Antoni Koszorz SVD, jako sekretarz tejże Komisji. Pierwsze posiedzenie nowopowołanej Komisji odbyło się 22 listopada 1967. Postanowiono wtedy, iż Komisja ma spełniać następujące zadania:

• prowadzić animacje misyjną w ramach duszpasterstwa parafialnego;
• uwzględniając zalecenia papieża Benedykta XV z Maximum illud (1919) wprowadzić misjologię do nauczania na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim oraz na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie a także włączyć do programu nauczania we wszystkich seminariach diecezjalnych
  i zakonnych;
• odnowić animację środowiska akademickiego.

W 1969 roku powołano do istnienia Biuro Misyjne, które miało swoją siedzibę przy ul. Dziekania 1. Ówczesny dyrektor Biura, o. Antoni Koszorz SVD, zajął się opracowaniem
i rozpowszechnianiem materiałów misyjnych oraz nawiązywaniem kontaktów z polskimi misjonarzami. Planowano już wówczas powołanie instytutu misyjnego, który by przygotowywał do pracy przyszłych misjonarzy oraz myślano także o wydawaniu polskiego czasopisma misyjnego.

Podczas 131. zebrania Plenarnego Konferencji Episkopatu Polski, dnia 28 czerwca 1972 roku wybrano nowego przewodniczącego Komisji Misyjnej. Został nim bp Jan Wosiński. Ze względu na stale wzrastającą liczbę księży diecezjalnych, udających się do pracy misyjnej opracowano Instrukcję Episkopatu Polski regulującą wyjazdy i pracę kapłanów diecezjalnych na terenach misyjnych. Instrukcja ta została zaaprobowana przez Konferencję Episkopatu
w dniu 24 stycznia 1974 r., a biskupi ordynariusze zostali zobowiązani do przekazywania 1% swoich kapłanów Kościołom misyjnym. Instrukcja ta zawierała szczegółowe wskazania dotyczące warunków, jakie miał spełniać kandydat na misjonarza oraz podawała zasady zawierania kontraktu pomiędzy biskupem wysyłającym i misyjnym oraz misjonarzem. Instrukcja ta - ze względu na nowoczesne podejście do opieki nad fideidonistami (księżmi diecezjalnymi pracującymi na misjach) - zyskała międzynarodowe uznanie.

Dnia 14 lutego 1974 r. Konferencja Episkopatu powierzyła formację i zawieranie kontraktów z biskupami misyjnymi o. Antoniemu Koszorzowi SVD, który został mianowany Delegatem Komisji do Spraw Misjonarzy. Biuro Misyjne zostało przeniesione w lipcu 1974 do lokalu przy ul. Przyrynek 2, stając się tym samym organem wykonawczym Komisji.

W dniu 18 lutego 1975 r., podczas 140. zebrania plenarnego Episkopatu Polski, zatwierdzono na 5 lat skład Komisji II kadencji. Przewodniczącym został
bp Jan Wosiński, wiceprzewodniczącym bp Jan Gucwa, a sekretarzem o. Antoni Koszorz. Do Komisji należeli także: bp Jan Zaręba, bp Józef Kurpas,
bp Szczepan Wesoły, bp Tadeusz Werno, o. prowincjał Leonard Szymanski, ks. prał. Dominik Bialic (Przemyśl), ks. prał. Czesław Pawlaczyk (Poznań),
ks. prał. Wacław Preiss (Pelplin), ks. rektor Mirosław Kołodziejczyk (Częstochowa), ks. Marian Batogowski (Płock), ks. Kazimierz Kalinowski (Warszawa),
o. Bernard Bona SVD, o. Stanisław Kuraciński SAC, o. Walenty Zapłata OMI, s. Gertruda Bełch służebniczka, s. Lucyna Ignatiuk FMM oraz prof. Jerzy Ozdowski (Poznań). Komisja Misyjna zwracała szczególną uwagę na animację misyjną środowisk akademickich seminaryjnych.

Dnia 16 kwietnia 1980 odbyło się pierwsze spotkanie Komisji III kadencji. W jej skład m.in. weszli: bp Jan Wosiński (przewodniczący), bp Józef Gucwa (wiceprzewodniczący),
o. Antoni Koszorz SVD (sekretarz). Powołano wtedy 4 sekcje: 1) opieki nad misjonarzami; 2) publikacji misyjnych; 3) koordynacji misyjnej instytutów zakonnych oraz 4) koordynacji misyjnej katolików świeckich. Przyjęto wtedy regulamin Komisji Episkopatu do Spraw Misji i przedstawiono do zatwierdzenia Radzie Głównej Episkopatu Polski.

Dnia 16 grudnia 1982 r. nowym sekretarzem Komisji Misyjnej oraz Delegatem ds. misjonarzy został ks. Wacław Kuflewski (Częstochowa), były misjonarz
z Zambii.

Podczas 199 Konferencji Plenarnej Episkopatu Polski dnia 27 marca 1984 r. powołano Komisję IV kadencji. W skład Komisji m.in. wchodzą: bp Edmund Piszcz (przewodniczący), bp Jan Nowak (wiceprzewodniczący), ks. Wacław Kuflewski (sekretarz). Ks. Bogdański zostaje mianowany dyrektorem Biura Misyjnego a delegatem ds. misjonarzy pozostaje ks. Wacław Kuflewski. Centrum Formacji Misyjnej zostało powołane do życia 1 września 1984 r. na Zaciszu, przy ul. Byszewskiej
w Warszawie, stało się agendą Komisji Misyjnej.

9 lutego 1987 roku został powołany do życia Instytut Misyjny Laikatu. Pełnomocnikiem z ramienia Komisji został mianowany ks. Wacław Kuflewski.

Podczas zebrania Komisji Misyjnej dnia 21 kwietnia 1989 r. ogłoszono nowy skład V kadencji. Przewodniczącym pozostał ks. bp Edmund Piszcz, zastępcą został mianowany ks. bp Jerzy Dąbrowski, sekretarzem i delegatem ds. misjonarzy ks. Wacław Kuflewski.

W 1990 roku nastąpiło oddzielenie funkcji Dyrektora Krajowego PDM od funkcji przewodniczącego Komisji. Dyrektorem Krajowym PDM został mianowany ks. bp Andrzej Suski.

W 1993 r. Dyrektorem Biura Misyjnego zostaje ks. Władysław Ostrowski SCJ, a delegatem ds. misjonarzy ks. Karol Bryś.

W marcu 1994 r. podczas 268 Konferencji Episkopatu Polski wybrano nowego przewodniczącego Komisji Episkopatu ds. Misji. Po ustąpieniu
abpa Edmunda Piszcza na to stanowisko powołano bpa Wojciecha Ziembę. Dnia 26 kwietnia, w budynku Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie odbyło się 58 spotkanie Komisji Episkopatu ds. Misji. Zebranie prowadził nowy przewodniczący Komisji Misyjnej.

W latach 1994 - 1995 sekretarzem był ks. Jan Skorupski , a delegatem ds. misjonarzy został ks. Władysław Ostrowski (aż do 1999 r.).

Dnia 1 lipca 1996 r. nowym dyrektorem formacyjnym CFM został mianowany ks. Andrzej Halemba. Od 21 października 1996 r. został on sekretarzem Komisji Misyjnej. Od 1999 r. spełnia funkcję delegata ds. misjonarzy.

Od 1996 r. Komisja Misyjna zgodnie z zaleceniami Statutu KEP, zatwierdzonego przez Stolicę Apostolską (20 listopada 1995), nosi nazwę Komisja Episkopatu Polski ds. Misji.

W roku 2000 decyzją Episkopatu Polski utworzono Krajowy Fundusz Misyjny, który jest zasilany ze składek do puszek we wszystkich kościołach podczas II Niedzieli Wielkiego Postu. W tym samym roku, w lipcu, przy Komisji zaczyna działalność MIVA Polska, organizacja mająca na celu pomoc misjonarzom w zakupie środków transportu.

W roku 2001 na czele Komisji staje bp Wiktor Skworc. Z jego nominacji przygotowaniem misjonarzy w Centrum Formacji Misyjnej zajmuje się ks. Jan Wnęk (od 2001 r.), a prace poszczególnych agend Komisji (od 2003 r.) koordynuje ks. Czesław Noworolnik, który przejmuje obowiązki sekretarza Komisji
i delegata ds. misjonarzy od ks. A. Halemby.

Nowa agenda, której podstawowym zadaniem jest wspieranie misjonarzy w realizacji projektów ewangelizacyjnych i humanitarnych to Dzieło Pomocy „Ad Gentes”, które Konferencja Episkopatu Polski, na wniosek bp. Wiktora Skworca powołała do istnienia w 2006 r.

W maju 2008 roku obowiązki sekretarza Komisji przejął ks. Tomasz Atłas (w Komisji od 2004 r.), realizując nadal zadania delegata ds. misjonarzy (od roku 2005), dyrektorem MIVA Polska został ks. Jerzy Kraśnicki, a dyrektorem Dzieła Pomocy „Ad Gentes” ks. Marek Gałuszka.

1 lipca 2009 roku nowym Dyrektorem Centrum Formacji misyjnej został ks. Janusz Paciorek, kapłan diecezji tarnowskiej.

14 października 2011 roku, 356. Zebranie Plenarne Episkopatu Polski, obradujące w Przemyślu, wybrało bpa Jerzego Mazura SVD nowym Przewodniczącym Komisji Episkopatu Polski ds. Misji, zastąpił on na tym stanowisku bpa Wiktora Skworca pełniącego tę funkcję przez dwie kadencje od roku 2001.

W dniu 21 października w Centrum Formacji Misyjnej odbyło się formalne przekazanie obowiązków nowemu Przewodniczącemu Komisji Episkopatu Polski ds. Misji oraz zapoznanie ze strukturami Komisji i wszystkimi jej agendami, z zakresem działalności i bieżącą sytuacją finansową. W spotkaniu uczestniczyli: bp Wiktor Skworc - dotychczasowy Przewodniczący w/wym. Komisji, bp Jerzy Mazur SVD - Przewodniczący Komisji Episkopatu Polski
ds. Misji, ks. Tomasz Atłas – Sekretarz w/wym. Komisji, ks. Janusz Paciorek – Dyrektor Centrum Formacji Misyjnej i Dyrektor Dzieła Pomocy „Ad Gentes” oraz ks. Jerzy Kraśnicki – Dyrektor MIVA Polska. Nowy Przewodniczący wyraził wdzięczność biskupowi Wiktorowi Skworcowi za kierowanie pracami Komisji
i wielki wkład w jej rozwój przez ostatnie 10 lat. Słowa wdzięczności zostały także skierowane do sekretarza Komisji i dyrektorów poszczególnych agend Komisji.

Od 1 listopada 2011 r. o. Kazimierz Szymczycha SVD, przejął obowiązki Sekretarza Komisji Episkopatu Polski ds. Misji, a obowiązki dyrektora Dzieła Pomocy „Ad Gentes” przejął ks. Jarosław Buchowiecki, kapłan diecezji ełckiej.

Z dniem 27 czerwca 2013 r. ks. Jan Fecko pochodzący z diecezji świdnickiej, delegat biskupa ds. misji, przejął obowiązki Dyrektora Centrum Formacji Misyjnej, natomiast
z dniem 1 sierpnia 2013 r. ks. Zbigniew Sobolewski, kapłan diecezji siedleckiej zostaje mianowany na nowego dyrektora Dzieła Pomocy "Ad Gentes".

18 listopada 2021, podczas 390. Zebrania Plenarnego Konferencji Episkopatu Polski, Biskup Kielecki Jan Piotrowski został wybrany Przewodniczącym Komisji Episkopatu Polski ds. Misji. Na stanowisku zastąpił biskupa Jerzego Mazura, który pełnił tę funkcję przez dwie kadencje. 

Od 1 września 2022 roku, ks. Eugeniusz Szyszka, kapłan diecezji tarnowskiej objął funkcję dyrektora Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie.